Оба варианта — это защищённые USB-носители для хранения ключа электронной подписи, и принципиальной разницы для конечного пользователя почти нет. Рутокен чаще встречается, Jacarta тоже распространена, работают они схожим образом. Главное — чтобы выбранный удостоверяющий центр поддерживал конкретное устройство. Электронная подпись пригодится вам не только для налоговой: её можно использовать и для взаимодействия с банками, и для подачи документов в суд, и для участия в тендерах. Это реально упрощает бизнес-процессы. Кстати, если интересно узнать об электронной подписи больше, вот статья
https://obzor.city/texty/interests/interesnye-fakty-ob-elektronnoj-cifrovoj-podpisi с интересными фактами. Она помогает понять, почему сегодня без таких устройств и сервисов уже практически не обойтись.